Является ли MySQL производительным с select… in (ID1, ID2, ID3,… ID100)?

Предполагая, что у вас есть индекс в любом поле, в котором вы делаете IN, вы должны быть в порядке.

Иногда да, но иногда этот синтаксис также необходим или лучше, чем любая альтернатива, которую вы, возможно, должны достичь того же набора результатов. Чтобы в полной мере сказать, что в вашем случае производительность будет хуже, чем с другим написанным запросом, нам нужно будет узнать ваш точный запрос и схему базы данных.

Любой запрос вызовет проблемы с производительностью (в некоторой степени, технически). Вопрос не в том, вызовет ли это проблемы производительности, вопрос в том, нужно ли это.

В сравнении с чем? Пока ваши значения WHERE индексируются соответствующим образом, вы должны быть в порядке (в общем).