Проблема, требующая списков

EDIT: Я вижу, что ты был тем, кто задал предыдущий вопрос! Зачем открывать новый?

Возник недавний вопрос по этой точной проблеме - структура, которую вы моделируете, - это ориентированный граф. См. мой ответ на этот вопрос, используя пакет Python networkx. Использование этого пакета - хорошая идея, если вы собираетесь выполнять некоторую пост-обработку данных. Однако для простых ситуаций вы можете создать свою собственную структуру данных. Вот пример с использованием представления списка смежности графа; вместо этого нетрудно использовать матрицу смежности.

from collections import defaultdict
adj_list = defaultdict( set )

for filename in os.listdir( <dir> ):
    with open( filename ) as theFile:
        for line in theFile:
            # parse line into filename, say 'target'
            adj_list[ filename ].add( target )

Это даст вам словарь filename → файлов, связанных этим файлом.