Ява не находит класс

В вашем MANIFEST.MF есть несколько проблем.

Во-первых, у вас несколько неправильных имен библиотек, как указано ctrueden.

Во-вторых, ваш MANIFEST.MF не должен иметь длину более 72 байтов (см. Ссылку).

Итак, в целом, ваш MANIFEST.MF должен быть следующим (тестироваться локально):

Manifest-Version: 1.0
Main-Class: DICOMValidate.menu
Class-Path: lib/log4j-1.2.16.jar lib/slf4j-log4j12-1.6.4.jar lib/slf4j
 -api-1.6.4.jar lib/dcm4che-audit-2.0.25.jar lib/dcm4che-core-2.0.25.j
 ar lib/dcm4che-image-2.0.25.jar lib/dcm4che-imageio-2.0.25.jar lib/dc
 m4che-iod-2.0.25.jar lib/dcm4che-net-2.0.25.jar

Наконец, как рекомендовано другими, вы должны действительно использовать Maven. Здесь POM файл, как и должно быть, чтобы построить банку, которую вы хотите.

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
    <modelVersion>4.0.0</modelVersion>
    <groupId>tmp</groupId>
    <artifactId>tmp2</artifactId>
    <version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
    <packaging>jar</packaging>
    <properties>
        <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
        <maven.compiler.source>1.7</maven.compiler.source>
        <maven.compiler.target>1.7</maven.compiler.target>
    </properties>
    <repositories>
        <repository>
            <id>dcm4che</id>
            <url>http://www.dcm4che.org/maven2/</url>
        </repository>
    </repositories>
    <dependencies>
        <dependency>
            <groupId>log4j</groupId>
            <artifactId>log4j</artifactId>
            <version>1.2.16</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.slf4j</groupId>
            <artifactId>slf4j-log4j12</artifactId>
            <version>1.6.4</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>org.slf4j</groupId>
            <artifactId>slf4j-api</artifactId>
            <version>1.6.4</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>dcm4che</groupId>
            <artifactId>dcm4che-audit</artifactId>
            <version>2.0.25</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>dcm4che</groupId>
            <artifactId>dcm4che-core</artifactId>
            <version>2.0.25</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>dcm4che</groupId>
            <artifactId>dcm4che-image</artifactId>
            <version>2.0.25</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>dcm4che</groupId>
            <artifactId>dcm4che-imageio</artifactId>
            <version>2.0.25</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>dcm4che</groupId>
            <artifactId>dcm4che-iod</artifactId>
            <version>2.0.25</version>
        </dependency>
        <dependency>
            <groupId>dcm4che</groupId>
            <artifactId>dcm4che-net</artifactId>
            <version>2.0.25</version>
        </dependency>
    </dependencies>
    <build>
        <plugins>
            <plugin>
                <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
                <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>
                <version>2.6</version>
                <configuration>
                    <archive>
                        <manifest>
                            <addClasspath>true</addClasspath>
                            <mainClass>DICOMValidate.menu</mainClass>
                        </manifest>
                    </archive>
                </configuration>
            </plugin>
        </plugins>
    </build>
</project>