Использование python для извлечения нескольких строк из файла данных

Предполагая, что это не домашнее задание, я думаю, что регулярное выражение является излишним для проблемы. Если вы знаете, что вам нужно три строки после того, как вы начинаете с "timestep", почему бы не подойти к проблеме таким образом:

Matrices = []

with open('data.txt') as fh:
  for line in fh:
    # If we see timestep put the next three lines in our Matrices list.
    if line.startswith('timestep'):
      Matrices.append([next(fh) for _ in range(3)])

В комментариях - вы используете следующую (fh) в этой ситуации, чтобы поддерживать ручку файла в синхронизации, когда вы хотите вывести из нее следующие три строки. Спасибо!

Итак, вы можете сделать это:

Алгоритм:

Read the file line by line
if the line starts with "timestep":
    read the next three lines
    take the average as needed

код:

def getArrays(f):
    answer = [[0, 0, 0], [0, 0, 0], [0, 0, 0]]
    count = 0
    line = f.readline()
    while line:
        if line.strip().startswith("timestep"):
            one, two, three = getFloats(f.readline().strip()), getFloats(f.readline().strip()), getFloats(f.readline().strip())
            answer[0][0] = ((answer[0][0]*count) + one[0])/(count+1)
            answer[0][1] = ((answer[0][0]*count) + one[1])/(count+1)
            answer[0][2] = ((answer[0][0]*count) + one[2])/(count+1)

            answer[1][0] = ((answer[0][0]*count) + two[0])/(count+1)
            answer[1][1] = ((answer[0][0]*count) + two[1])/(count+1)
            answer[1][2] = ((answer[0][0]*count) + two[2])/(count+1)

            answer[2][0] = ((answer[0][0]*count) + three[0])/(count+1)
            answer[2][1] = ((answer[0][0]*count) + three[1])/(count+1)
            answer[2][2] = ((answer[0][0]*count) + three[2])/(count+1)
        line = f.readline()
        count += 1
    return answer

def getFloats(line):
    answer = []
    for num in line.split():
        if "E" in num:
            parts = num.split("E")
            base = float(parts[0])
            exp = int(parts[1])
            answer.append(base**exp)
        else:
            answer.append(float(num))
    return answer

answer теперь является списком всех массивов 3x3. Я не знаю, как вы хотите сделать усреднение, поэтому, если вы опубликуете это, я могу включить его в этот алгоритм. Кроме того, вы можете написать функцию, чтобы взять мой массив и вычислить средние значения.

Надеюсь, что это поможет

import re
from itertools import imap

text = '''O_sh          9215    1.000000   -2.304400
 -1.0680E+00  1.3617E+00 -5.7138E+00
O_sh          9216    1.000000   -2.304400
 -8.1186E-01 -1.7454E+00 -5.8169E+00
timestep    501      9216         0         3    0.000500
   20.54      -11.85       35.64
  0.6224E-02   23.71       35.64
  -20.54      -11.86       35.64
Li               1    6.941000    0.843200
  3.7609E-02  1.1179E-01  4.1032E+00
Li               2    6.941000    0.843200
  6.6451E-02 -1.3648E-01  1.0918E+01
O_sh          9215    1.000000   -2.304400
 -1.0680E+00  1.3617E+00 -5.7138E+00
O_sh          9216    1.000000   -2.304400
 -8.1186E-01 -1.7454E+00 -5.8169E+00
timestep    501      9216         0         3    0.000500
   80.80      -14580       42.28
  7.5224E-01   777.1       42.28
  140.54      -33.86       42.28
Li               1    6.941000    0.843200
  3.7609E-02  1.1179E-01  4.1032E+00
Li               2    6.941000    0.843200
  6.6451E-02 -1.3648E-01  1.0918E+01'''

lin = '\r?\n{0}*({1}+){0}+({1}+){0}+({1}+){0}*'
pat = ('^timestep.+'+3*lin).format('[ \t]','[.\deE+-]')
regx = re.compile(pat,re.MULTILINE)

def moy(x):
    return sum(map(float,x))/len(x)

li = map(moy,zip(*regx.findall(text)))
n = len(li)
g = iter(li).next
res = [(g(),g(),g()) for i in xrange(n//3)]
print res

результат

[(50.67, -7295.925, 38.96), (0.379232, 400.40500000000003, 38.96), (60.0, -22.86, 38.96)]

Основываясь на сообщениях inspectorG4dget и g.d.d.c, здесь приведена версия, которая должна выполнять чтение, разбор и усреднение. Пожалуйста, укажите мои ошибки!:)

    def averageArrays(filename):
        # initialize average variables then,
        # open the file and iterate through the lines until ...
        answer, count = [[0.0]*3 for _ in range(3)], 0
        with open(filename) as fh:
            for line in fh:
                if line.startswith('timestep'):  # ... we find 'timestep'!
                    # so , we read the three lines and sanitize them
                    # conversion to float happens here, which may be slow
                    raw_mat = [fh.next().strip().split() for _ in range(3)]
                    mat = []
                    for row in raw_mat:
                        mat.append([float(item) for item in row])
                    # now, update the running average, noting overflows as by
                    # http://invisibleblocks.wordpress.com/2008/07/30/long-running-averages-without-the-sum-of-preceding-values/
                    # there are surely more pythonic ways to do this
                    count += 1
                    for r in range(3):
                        for c in range(3):
                            answer[r][c] += (mat[r][c] - answer[r][c]) / count
        return answer