Итак, у меня есть python script, запустивший фон, и я хочу, чтобы он запускал функцию X всякий раз, когда нажата комбинация клавиш. Как мне это реализовать? Проблема в том, что приложение будет работать в фоновом режиме, поэтому он не будет иметь фокуса из ОС.
Ну, это не имеет ничего общего с python. Это сильно зависит от операционной системы, над которой вы работаете.
Вы можете использовать XLib под Linux (http://python-xlib.sourceforge.net/) или wxPython под Windows (http://wxpython.org/docs/api/wx.Window-class.html#RegisterHotKey)
Еще одна идея - подключить события системной клавиатуры (через pyHook) и попытаться поймать любые горячие клавиши.