У таблиц InnoDB уже есть дерево b? Или я читал что-то не так?
В таблицах innodb есть специальный тип индекса первичного ключа, называемый кластеризованным индексом b-дерева, который может очень хорошо спроектировать таблицу innodb для запроса.
Следующие ресурсы могут представлять интерес:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/innodb-index-types.html
http://www.xaprb.com/blog/2006/07/04/how-to-exploit-mysql-index-optimizations/
должно быть b + дерево, а не дерево в соответствии с: this