Как решить IOError: [Errno 2] Нет такого файла или каталога: в Biopython?

Question

Как решить IOError: [Errno 2] Нет такого файла или каталога: в Biopython?

1

Я пытаюсь проанализировать файл fasta в Biopython, используя следующий код. Как я могу решить эту ошибку?

from Bio import SeqIO
handle = open("C:/Users/Desktop/kk.fasta", "rU")



File "<pyshell#19>", line 1, in <module>
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'kk.fasta'

Я получаю вышеуказанную ошибку. Но мой файл уже есть. Я использую ОС Windows 7, python 2.7 и Biopython 1.57. Любые предложения, пожалуйста.

saraswathi 05 нояб. 2011, в 08:17

Источник

0

Вы можете попробовать это: import os; print os.path.isfile(myPath) . Какой выход?
Simon Bergot 05 нояб. 2011, в 06:31
0

@simon Спасибо за ваш комментарий. Выход ложный.
saraswathi 05 нояб. 2011, в 07:03

Теги:

python

biopython

2 ответа

0

Ваш путь неправильный.

Откройте проводник и введите этот путь:

c:\Users\

Это может помочь вам исправить путь. Следующий каталог ниже "Пользователи" будет именем пользователя или "По умолчанию", а не "Рабочий стол".

jgritty 05 нояб. 2011, в 05:11

Ещё вопросы

Вы можете попробовать это: import os; print os.path.isfile(myPath) . Какой выход?
@simon Спасибо за ваш комментарий. Выход ложный.

Simon · Accepted Answer · 2011-11-05T04-20-00.000Z

пытаться:

import os
print os.path.isfile(r"C:\Users\Desktop\kk.fasta")

если вывод верен, вы можете попытаться заменить строку в исходном коде и посмотреть, работает ли она. Если нет, убедитесь, что на пути нет опечатки.

малый r означает сырой. Он убежит от всех \ to \\ чтобы убедиться, что путь действителен (\n не станет символом новой строки)