как вы запускаете php файл из ssh?

Вы не можете передавать переменные GET через командную строку!! Если вам нужно передать переменную на ваш script, вы можете использовать php filename.php your_variable и использовать $argv и $argc в вашем PHP-коде.

• http://php.net/manual/es/reserved.variables.argc.php
• http://php.net/manual/es/reserved.variables.argv.php

Синтаксис filename.php?id=2 предназначен только для веб-серверов.

Что вы сделали, так это сказать оболочке найти файл с именем filename.php?id=2 и передать его на PHP, но этот файл не существует.

PHP файл, который был написан как веб-сайт, будет ограниченно использовать только в CLI.

Вы можете написать оболочку script, которая подготавливает суперглобалы и include веб-страницу.

Я рекомендую прочитать о интерфейсе CLI, чтобы понять, что он делает.

Вам нужно передать свои параметры в качестве аргументов и использовать $argv:

<?php
var_dump($argv);
?>

http://php.net/manual/en/reserved.variables.argv.php